Strutture proteiche (ogni blocchetto colorato rappresenta un amminoacido)
La "struttura secondaria" è un sotto tipo di struttura proteica e si riferisce in particolare alla conformazione spaziale dei blocchi costruttivi delle catene. In FoldIt troviamo le α Eliche con forma a spirale e i Foglietti β, strisce piatte. Le lunghezze e dimensioni di questi blocchi possono variare ma le loro forme essenziali sono sempre le stesse. Ogni proteina contiene come minimo una di queste strutture essenziali, più spesso ne contiene parecchie. Queste strutture secondarie servono principalmente per stabilizzare il nucleo della proteina ed esse stesse sono stabilizzate dai legami a idrogeno.
Sebbene non siano delle strutture secondarie "regolari", entrano in questa categoria anche le Congiunzioni; tipicamente sono le sezioni che connettono eliche e foglietti, ma non solo. Questi segmenti possono assumere molte forme e la loro lunghezza è variabile. Pur non condividendo una forma comune, queste strutture sono frequentemente implicate nelle funzioni proteiche; ottenere una loro conformazione corretta è molto importante, tanto quanto lo è per eliche e foglietti.
Come FoldIt tratta le strutture secondarie[]
Avete probabilmente notato che ogni parte della proteina può essere trasformata in una struttura secondaria, Foglietti β α Eliche o Congiunzioni, senza che il punteggio cambi minimamente. Ma nella realtà la struttura nativa di quella proteina ha delle ben identificate sotto-strutture chiaramente identificabili ai raggi-X. Come si spiega questo fatto?
Gli sviluppatori di FoldIt non hanno detto molto a riguardo quindi la spiegazione che segue è solamente un'opinione di un giocatore esperto.
Quando si muta una sezione, passando da una struttura all'altra, la proteina è in condizioni statiche. Gli amminoacidi rimangono nelle stesse posizioni che avevano prima; l'energia posseduta dalle molecole è la stessa quindi il punteggio non cambia.
Quando però si muove una sezione, ogni tipo di struttura lo fa in modo differente, seguendo le sue caratteristiche. Le congiunzioni sono flessibili e hanno molti gradi di libertà, le eliche e i foglietti sono invece più rigidi a causa dei legami interni che li stabilizzano; il programma tiene conto di questo ed infatti ricostruendo delle congiunzioni si ottengono forme quasi casuali, ricostruendo delle eliche si ottengono quasi sempre ancora delle eliche.