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Lo scheletro è la forma base della struttura della proteina, è formata da una sequenza di amminoacidi uniti in una sorta di lunga catena dai legami peptidici tra questi ultimi. Esterni allo scheletro rimangono invece i gruppi laterali.

Lo scheletro della proteina determina gli aspetti strutturali di base della proteina, i gruppi laterali invece determinano i dettagli della sua funzione biologica.


Ci sono molti modi di manipolare lo scheletro della proteina in FoldIt; lo si può semplicemente trascinare ma si possono utilizzare anche strumenti più complessi come la ricostruzione, Tweak o Wiggle.