Lo strumento "Rebuild" è notoriamente quello più difficile da utilizzare. Non è compreso nel tutorial e virtualmente non esiste documentazione ufficiale sul come deve funzionare. Può però essere la chiave per grossi miglioramenti di punteggio, specialmente nella fase centrale del gioco.
Documentazione[]
La spiegazione ufficiale recita:
- Si può utilizzare lo strumento "rebuild" in Modalità pull premendo <CTRL> e contemporaneamente cliccando con il pulsante destro del mouse sul menu a torta. Rebuild cercherà nuove forme dello scheletro della proteina. Utilizzate gli elastici o bloccate parti della struttura per controllarne le conseguenze!
Note[]
Utilizzare questo strumento senza bloccare parti della struttura o utilizzare gli elastici produce una gran varietà di nuove forme, la maggiorparte delle quali hanno un punteggio molto basso a causa delle collisioni che si vengono a creare tra le parti della proteina. Questo fenomeno non è completamente casuale ma potrebbe apparire tale, persino ai giocatori più esperti. L'utente Fugofish ha visitato recentemente i laboratori degli sviluppatori del progetto e gli ha chiesto specificatamente di spiegare questo strumento.
La loro spiegazione è stata: Quando scegli un'area da ricostruire, FoldIt cerca in un database locale di sequenze proteiche le strutture simili a quella che gli hai dato. Quindi se per esempio si ricostruisce un'elica, FoldIt tenderà a darti delle soluzioni a elica piuttosto che sequenza casuali di congiunzioni.
E' molto importante seguire il processo di ricostruzione perché un giocatore, se dotato di buon intuito, può accorgersi che una di queste nuove forme a basso punteggio ha un grosso potenziale. Questo ovviamente una volta che vengano sistemate tutte le collisioni. Un giocatore che abbia le idee chiare sul "dove" una cosa debba andare a finire, può utilizzare anche gli elastici per obbligare la ricostruzione ad andare nella direzione voluta. In ogni caso, a seguito di una ricostruzione sarà necessario sistemare le collisioni, dimenare la struttura localmente (Wiggle) per dare una sistemata alla struttura, quindi dimenare l'intera proteina o addirittura spostare alcune sue parti; solo così si potrà ottenere un punteggio soddisfacente.
I precedenti risultati di una ricostruzione vengono memorizzati automaticamente da FoldIt e c'è una lista da cui poter scegliere in ogni istante a quale configurazione tornare. Questo è utile perché spesso i risultati della ricostruzione sono ciclici.
Tecniche di ricostruzione[]
Una tecnica efficace di ricostruzione è quella che si può effettuare sulle eliche. Il punteggio finale è tanto più alto quanto più "deformata" appare la struttura iniziale. Ecco il procedimento:
- normalizzare l'elica sistemandone i gruppi laterali ed eventuali collisioni
- bloccare solo l'elica in questione
- usare lo strumento Wiggle globalmente su tutta la proteina
- attendere che la struttura si sia stabilizzata e fermare l'azione
- sbloccare l'elica
- usare nuovamente lo strumento Wiggle globalmente su tutta la proteina
Una seconda tecnica di ricostruzione è quella di trovare una sezione che sembri leggermente fuori posto e di applicare le seguenti mosse:
- convertire la sezione in una serie di congiunzioni
- bloccare 2 o 3 dei suoi segmenti
- ricostruire
Se c'è un immediato cambiamento nel punteggio allora:
- fermare la ricostruzione
- squotere i gruppi laterali (Shake)
- usare lo strumento Wiggle globalmente su tutta la proteina
Normalmente questo seconda fase abbassa un po' il punteggio. Proseguire:
- scegliere altri 2-3 segmenti preferibilmente alle estremità della sezione
- ripetere il procedimento (bloccarli e così via)
Tipicamente il miglioramento del punteggio si può vedere al secondo o terzo passaggio ma è possibile anche arrivare al quinto per sezioni molto lunghe (Congiunzioni). Il punto fondamentale di questa tecnica è la velocità con cui lo strumento "ricostruzione" trova una forma alternativa per la struttura - quando la ha trovata fermate subito la sua azione.
Terza tecnica proposta dall'utente Cheese. Si tratta di identificare le zone rosse (a basso punteggio) all'interno di una struttura. Poi proseguire eseguendo queste mosse:
- bloccare i 2 segmenti adiacenti alla zona rossa identificata
- ricostruire
- fermare la ricostruzione quasi immediatamente altrimenti si perdono molti punti (se la ricostruzione è troppo veloce si può sempre tornare indietro)
- usare lo strumento Wiggle globalmente su tutta la proteina
- usare lo strumento Shake globalmente su tutta la proteina
- infine usare lo strumento Wiggle localmente sulla zona identificata