Ottenere un buon ripiegamento di una proteina significa massimizzarne il punteggio. Non è ancora noto il modo in cui viene calcolato.
Dal momento che FoldIt è supportato dallo stesso gruppo di ricerca di Rosetta@home si può ritenere che i due sistemi di punteggio siano simili. Una spiegazione del sistema di punteggio di Rosetta si può trovare qui (PDF).
Punteggio attribuito agli utenti
Il 23 luglio 2008, l'utente "Admin" (uno degli amministratori di FoldIt) ha fornito in un post del forum la seguente formula ufficiale per il calcolo del punteggio attribuito ai giocatori, per quanto riguarda le classifiche generali, per ogni puzzle giocato:
Punti = Arrotondamento all'intero superiore di (( 1 - (Rank - 1)/(NumeroGiocatori - 1) )^7 * 100)
Se il valore è inferiore a 1 viene attribuito il punteggio 1
Questa formula vale presumibilmente anche per i team (anche se non vi è conferma) e determina i punti assegnati a puzzle completato in base alla posizione (rank) del giocatore nella classifica di quel determinato puzzle. Questi punti non sono in relazione con quelli totalizzati nel puzzle, tengono infatti conto solo della posizione nella classifica specifica di quel puzzle.