Ottenere un buon ripiegamento di una proteina significa massimizzarne il punteggio. Non è ancora noto il modo in cui viene calcolato.
Dal momento che FoldIt è supportato dallo stesso gruppo di ricerca di Rosetta@home si può ritenere che i due sistemi di punteggio siano simili. Una spiegazione del sistema di punteggio di Rosetta si può trovare qui (PDF).
Essenzialmente il punteggio è la somma dei punteggi dei singoli segmenti, ovvero gli amminoacidi) più un valore arbitrario (8000).
Il punteggio del singolo segmento è una combinazione di valori assegnati in funzione delle seguenti caratteristiche:
- Collisioni
- Compattezza
- Quanto sono nascoste le parti idrofobiche
- Legami a idrogeno o alri tipi di legame
- Forma dello scheletro della proteina
- Gruppi laterali
- Ponti disolfuro
- Punteggio di riferimento
- Altro...
Il punteggio di riferimento è un valore fisso basato sul tipo di amminoacido mentre il termine altro tiene conto di alcuni elementi di minore importanza non presenti in elenco.
Si può visualizzare il punteggio associato ad ogni amminoacido, arrotondato all'intero più vicino, posizionando il mouse sul segmento e premendo TAB sulla tastiera. Se il punteggio è nullo non viene mostrato.
Punteggio attribuito agli utenti[]
Il 23 luglio 2008, l'utente "Admin" (uno degli amministratori di FoldIt) ha fornito in un post del forum la seguente formula ufficiale per il calcolo del punteggio attribuito ai giocatori, per quanto riguarda le classifiche generali, per ogni puzzle giocato:
Punti = Arrotondamento all'intero superiore di (( 1 - (Rank - 1)/(NumeroGiocatori - 1) )^7 * 100)
Se il valore è inferiore a 1 viene attribuito il punteggio 1
Questa formula vale presumibilmente anche per i team (anche se non vi è conferma) e determina i punti assegnati a puzzle completato in base alla posizione (rank) del giocatore nella classifica di quel determinato puzzle. Questi punti non sono in relazione con quelli totalizzati nel puzzle, tengono infatti conto solo della posizione nella classifica specifica di quel puzzle.