Il Mojo (termine che probabilmente è collegato ad amuleti magici della cultura Hoodoo) è la tendenza della proteina ripiegata a riprendere la sua configurazione dopo una modifica alla struttura apportata dal giocatore (in altri ambiti questa proprietà è denominata "resilienza" o memoria di forma). Si dice quindi che una certa struttura ha un alto mojo se tende a rimanere se stessa a seguito di alterazioni del suo equilibrio, sopporta meglio trascinamenti o usi dello strumento "Wiggle" o altre modifiche.
Il mojo di una struttura tende ad aumentare con il punteggio ma esistono delle eccezioni; a volte infatti, persino le proteine con un alto punteggio possono diventare instabili.
Un metodo per diminuire il mojo di una struttura è quello di sistemare l'orientamento dei gruppi laterali. Il motivo di tale mossa è che, per motivi non molto chiari, successivi trascinamenti o usi dello strumento "Wiggle" fanno ottenere molti punti; questa è una cosa che non avviene se la struttura ha un alto mojo.
All'estremo opposto si pone la strategia detta "Local Wiggle Strategy" perché tende a far diventare la struttura della proteina difficile da modificare, quindi con un altissimo mojo.
Il concetto di mojo è utile perché suggerisce che il giocatore dovrebbe essere incline a fare delle modifiche sostanziali alla struttura della proteina per far aumentare il proprio punteggio, piuttosto che leggeri ritocchi.