La modalità Note è selezionabile in FoldIt solo per certi puzzle. Viene messo a disposizione un solo strumento, la possibilità di associare una nota scritta a un amminoacido della catena proteica.
Per aprire la casella di testo è necessario cliccare con il pulsante sinistro del mouse sul segmento proteico interessato.
La Modalità Note è selezionabile dal menù Modes direttamente sulla schermata di gioco.