Le parti bloccate (in celeste) sono tipiche "inversioni a U".
Si parla di "Inversione a U" quando una corta congiunzione tra due strutture secondarie, 3-4 segmenti al massimo, ha la forma di una curva a 180°. Solitamente le strutture secondarie interessate sono due foglietti β uniti da più legami a idrogeno. Può accadere però che l'inversione a U possa verificasi tra un foglietto e una elica o tra due eliche.
Strettamente parlando, le inversioni a U non sono delle strutture secondarie. Non vi saranno mai dei legami a idrogeno o ponti disolfuro che le connettono, come accade rispettivamente per i foglietti e le eliche. Ciononostante le inversioni a U compaiono spesso nella struttura delle proteine e una buona strategia di gioco non può prescindere da esse.
Per esempio si può notare che spesso gli amminoacidi contenuti nelle inversioni a U hanno un punteggio basso. Frequentemente infatti le inversioni a U sono le zone a più basso punteggio di una proteina ma questo non significa necessariamente che siano le zone con il più alto potenziale di miglioramento.
Questo perché mentre localmente l'area fornisce pochi punti, la presenza e la posizione di queste strutture permette ad altre più complesse di dare un punteggio alto; cercando di dare una sistemazione alle inversioni a U si potrebbe danneggiare magari il buon allineamento delle strutture che queste connettono.
Una inversione a U tra due foglietti ben allineati, connessi da molti legami a idrogeno e con le parti idrofobiche ben nascoste all'interno, consente ai foglietti di avere un punteggio molto alto. Cercare di alzare il punteggio della sola inversione a U può portare a un peggioramento dell'ottima configurazione raggiunta dai foglietti.
Detto questo, sulle inversioni a U si può comunque applicare con successo la ricostruzione, utilizzare lo strumento Wiggle localmente o la strategia della Ricostruzione manuale. Si può inoltre tentare di migliorarne il punteggio cercando diverse configurazioni ma è consigliabile prima bloccare le strutture connesse all'inversione a U.