Gli strumenti sono i controlli utilizzati per manipolare le proteine in FoldIt. Ognuno ha la sua funzione; va comunque considerato che questi strumenti potrebbero essere soggetti a modifiche man mano che il gioco evolve.
Modalità STRUTTURA: menù a torta degli strumenti.
E' inoltre sempre aperta la discussione su quali altri possibili strumenti inserire nel gioco.
La modalità Pull include:
- Bloccare (Freeze)
- Mettere a punto (Tweak)
- Ricostruire (Rebuild)
- Scuotere i gruppi laterali (Shake Sidechains) - Locale o globale
- Dimenare (Wiggle) - Locale o globale
- Tendere con un elastico (Rubber band)
- Punteggio migliore recente (Recent best)
La maggior parte di questi strumenti possono essere selezionati cliccando con il pulsante destro del mouse sulla sezione su cui si vuole intervenire: si aprirà un menù a forma di torta con le varie opzioni.
La modalità Struttura include:
- α Eliche (Helix)
- Foglietti β (Sheet)
- Congiunzioni (Loop)
Questi ultimi tre strumenti possono essere selezionati in cliccando con il pulsante destro del mouse sulla sezione su cui si vuole intervenire: si aprirà un menù a forma di torta con le varie opzioni.
Ci sono anche diverse scorciatoie da tastiera che possono aiutare nella ricerca degli strumenti di cui si ha bisogno.