Bloccare

Le eliche bloccate sono colorate di un blu traslucido, in contrasto con quelle verdi non bloccate.

Bloccare, o congelare, un segmento di una proteina gli impedisce di muoversi durante le operazioni di ricostruzione, di trascinamento di altre parti della proteina, o comunque di altre mosse effettuate dal giocatore. Questa mossa può essere applicata a 4 diversi livelli:

• può essere bloccato un singolo gruppo laterale
• può essere bloccato un singolo amminoacido
• si può bloccare una singola struttura (secondaria)
• si può bloccare l'intera proteina

La parte bloccata si colora di un blu traslucido.

Bloccare e trascinare

Quando si trascinano parti della proteina con il mouse, quelle bloccate non si muovono. Se si vuole muovere solo una certa porzione della proteina è sufficiente bloccare le parti adiacenti (ad entrambe le estremità), o solo una nel caso di un segmento terminale. Se il congelamento della struttura è globale allora non è possibile muovere niente.

Bloccare e dimenare (Wiggle)

Lo strumento Wiggle, se applicato globalmente, interessa tutte le sezioni della proteina indipendentemente se siano state o meno bloccate. Se invece è applicato localmente influenza solo le parti non bloccate. Se si vuole dimenare solo una certa porzione della proteina è sufficiente bloccare le parti adiacenti (ad entrambe le estremità), o solo una nel caso di un segmento terminale.

Spesso i giocatori che isolano una sezione della proteina per usare poi lo strumento Wiggle localmente, trasformano tutte le strutture secondarie di quella sezione in semplici strutture di collegamento per poter avere più libertà di movimento. Questa tecnica è detta anche Local Wiggle Strategy.

Bloccare e ricostruire

La ricostruzione influenza le sezioni bloccate in modo simile a quanto descritto in precedenza. La ricostruzione interessa una sezione di proteina delimitata da cambi di struttura o da parti bloccate. Spesso i giocatori bloccano singoli amminoacidi per ricostruire singole sezioni della catena.

Bloccare e squotere i gruppi laterali (Shake)

Lo strumento "Shake sidechains" non modifica la posizione dei gruppi laterali bloccati.