Amminoacidi

Gli amminoacidi sono gli elementi costruttivi delle proteine. Essi si combinano tra loro formando un legame peptidico secondo una reazione di condensazione con eliminazione una molecola di acqua. Le proteine sono definite dalla loro unica sequenza dei prodotti di questi legami; questa sequenza è detta struttura primaria della proteina. Allo stesso modo in cui le lettere dell'alfabeto possono combinarsi a formare una infinita varietà di parole, così gli amminoacidi possono legarsi per formare una immensa varietà di proteine.

Gli amminoacidi che compaiono nelle proteine di tutti gli organismi viventi sono 20 (anche se studi recenti portano questo numero a 23) e sono sotto il controllo genetico, cioè le loro caratteristiche sono codificate nel DNA. Alcuni dei 20 amminoacidi ordinari sono detti essenziali (o standard), in quanto non possono essere biosintetizzati direttamente da un organismo, devono pertanto essere assunti col cibo.

Gli amminoacidi sono anche, ovviamente, le unità base di FoldIt. Nella struttura della proteina ogni amminoacido contribuisce dando una possibilità di legame allo scheletro della proteina e, normalmente, ha un gruppo laterale. Lo scheletro della proteina determina gli aspetti strutturali di base della proteina, i gruppi laterali invece determinano i dettagli della sua funzione biologica.

Di seguito la lista degli amminoacidi che si possono trovare giocando a FoldIt. C'è la possibilità che ne vengano utilizzati degli altri, pochi in verità, ma questi sono certamente quelli più comuni.

Amminoacido	Sigla	Lettera	Polarità del gruppo lat.	Acidità o basicità del gruppo lat.	Indice idropatico
Alanina	Ala	A	apolare	neutro	1.8
Arginina	Arg	R	polare	basico (fortemente)	-4.5
Asparagina	Asn	N	polare	neutro	-3.5
Acido aspartico	Asp	D	polare	acido	-3.5
Cisteina	Cys	C	polare	neutro	2.5
Acido glutammico	Glu	E	polare	acido	-3.5
Glutammina	Gln	Q	polare	neutro	-3.5
Glicina	Gly	G	apolare	neutro	-0.4
Istidina	His	H	polare	basico (debolmente)	-3.2
Isoleucina	Ile	I	apolare	neutro	4.5
Leucina	Leu	L	apolare	neutro	3.8
Lisina	Lys	K	polare	basico	-3.9
Metionina	Met	M	apolare	neutro	1.9
Fenilalanina	Phe	F	apolare	neutro	2.8
Prolina	Pro	P	apolare	neutro	-1.6
Serina	Ser	S	polare	neutro	-0.8
Treonina	Thr	T	polare	neutro	-0.7
Triptofano	Trp	W	apolare	neutro	-0.9
Tirosina	Tyr	Y	polare	neutro	-1.3
Valina	Val	V	apolare	neutro	4.2

Amminoacido α con gruppo laterale generico R

Chimica

In chimica gli amminoacidi sono molecole organiche nella cui struttura c'è sia il gruppo funzionale dell'ammina (-NH2) sia quello dell'acido carbossilico (-COOH).

In biochimica il termine amminoacidi si riferisce più spesso agli α-amminoacidi, di formula generica NH2CHRCOOH, cioè quelli il cui gruppo amminico ed il cui gruppo carbossilico sono legati allo stesso atomo di carbonio (chiamato appunto carbonio α).

Ogni amminoacido presenta uno specifico gruppo laterale (detto anche gruppo R). In funzione delle proprietà chimiche di tale gruppo, un amminoacido viene classificato come acido, basico, idrofilo (o polare) e idrofobo (o apolare).

La reazione di legame tra due amminoacidi, con l'eliminazione della molecola d'acqua, è data da:

NH2-CHR-COOH + NH2-CHR'-COOH --> NH2-CHR-CO-NH-CHR'-COOH + H2O

Considerazioni

• Un forte ponte disolfuro (S-S) può crearsi a volte tra gli atomi di zolfo (S) presenti nei gruppi laterali di due amminoacidi Cisteina. Questo fatto gioca un ruolo molto importante nella conformazione tridimensionale della proteina.

• I gruppi laterali polari solitamente preferiscono rimanere in un ambiente polare come quello creato dall'acqua che circonda le proteine.