In der GUI ist ein Segment immer der kleinste Teil des gesamten Puzzles, der verändert werden kann.
Er besteht in der Regel aus einem Stück des Rückgrats, inclusive einer Seitenkette.
Die Punktzahl eines Segments setzt sich aus der Summe der Segment-Attribute zusammen, welche auch mit TAB eingesehen werden können, wenn sich der Cursor über dem gewünschten Segment befindet.
Programmintern ist das Rückgrat eines Segments nochmal in zwei Teile geteilt, um seine Biegung und Torsion zu speichern.
Dieses ist erkennbar, wenn man das Strichmodell als Ansicht wählt.