Der Farbenblind-Modus (en: "colorblind mode") ist eine alternative Farbgestaltung des Proteins. Man kann diese in der Proteinansicht unter Menu -> general options -> Colorblind mode ein- und ausschalten.
Die Philosophie hinter dem Farbdesign war, es durch kontrastreiche Farbgestaltung und Benutzung unproblematischer Farben für möglichst viele Arten der Farbenblindheit nützlich zu machen. So wurde auf grün komplett verzichtet, und rot als Markierung für punktniedrige Rückgratabschnitte verwendet. Mittelmäßige Abschnitte werden durch blasse graue und blaue Farben gekennzeichnet, während dunkles Blau für gute Punktwerte steht. Es ergibt sich also ein Farbverlauf von rot -> grau -> blau
Hydrophobische Seitenketten werden durch ein sehr dunkles Rot dargestellt, hydrophile Seitenketten durch ein blasses Grau.