Cookbook

Mit Cookbook (Kochbuch) wird ein neues Werkzeug in Foldit bezeichnet, dass man am linken Rand auf und zu klappen kann.

Das Kochbuch ist eine editierbare Ansammlung von sogenannten Rezepten (engl. recipes), die helfen sollen, regelmäßig wiederkehrende Tätigkeiten der Folder zu vereinfachen. Gegenwärtig ist es noch recht rudimentär, kann aber schon einige langweilige Dinge automatisieren. Laut dem Foldit-Team [1] ist es geplant, zusätzlich zu der gegenwärtigen grafischen Benutzeroberfläche eine textuelle einzuführen. Dies geschieht zusammen mit der Implementation der Lua-Scriptsprache

Benutzung

Die Bedienung ist recht selbsterklärend. Nach dem ausklappen des Kochbuchs kann man unten links den Editor öffnen, in dem Rezepte bearbeitet werden können. Fährt man mit der Maus über ein Rezept, kann man es löschen (Kreuz links vom Namen), editieren (Notiz-Symbol), oder ausführen (Pfeil).
Beim Start von Foldit sind vier erklärende Beispielrezepte bereits im Kochbuch, die mit Hilfstexten und Kommentaren versehen sind.

Rezepte

Ein Rezept (oder script) besteht aus mehreren Einträgen (Zutaten), die jeweils eine bestimmte Funktion erfüllen. Diese Möglichkeiten werden derzeitig noch ausgebaut.
Eine neue Zutat wird hinzugefügt, indem auf den blau umrandeten Bereich geklickt wird. Meist muss dann innerhalb der Zutaten noch eine Auswahl getroffen werden, zum Beispiel über die Anzahl der betroffenen Rückgradteile. Hier die häufigsten Auswahloptionen am Beispiel von Freeze:

• all: Alle: Jeder einzelne Teil einschließlich der Seitenketten wird eingefroren.
• by stride: eine regelmäßige Auswahl wird getroffen
  • add integer: füge eine Zahl hinzu, z.B. every 2nd: jeder zweite Teil wird eingefroren
  • add a residue: Füge einen Rest, also einen Teil des Rückgrads, hinzu
    • by index: beginnend bei der Zahl X
    • user pick: vom Benutzer ausgewählt - hier wird per Mausklick ausgewählt, welche Teile Ziel der Veränderung sind. Es erfolgt zur Laufzeit des Rezeptes eine Aufforderung, diese Teile anzuklicken.

Ein Eintrag "Freeze Residues by strides every 5th residue starting at index 50" heißt also, dass jeder fünfte Teil beginnend ab der Indexnummer 50 im Protein eingefroren wird.

Transfer von Rezepten

Über die (noch nicht verlinkte) Seite http://fold.it/portal/recipes ist es seit dem 9.6.2009 möglich, Rezepte anzusehen, zu bewerten, beschränkt zu kommentieren und man kann sie natürlich herunter laden und ausprobieren. Dazu muss die Fold.it Anwendung laufen.

Das Hochladen auf die Seite funktioniert über das Kochbuch. Man muss ein Rezept öffnen und kann dann durch den click auf "upload" das Rezept auf die Fold.it Seite heraufladen, wahlweise für alle, für die Gruppe oder nur für sich selbst.

manuelle Transfermethode (alter Text)

Momentan gibt es keine eingebaute Möglichkeit, Rezepte zwischen zwei Benutzern auszutauschen. Manuell ist dies jedoch möglich. Neben der einfachen Möglichkeit, Rezepte per Hand im Kochbuch zu kopieren, kann man sie auch austauschen, indem Zeilen in einer Datei kopiert werden. Hinweis: Die folgende Prozedur basiert allein auf Ausprobieren. Es gab keinerlei Aussage des Foldit-Teams dazu. Verändern der Foldit-Dateien auf eigene Gefahr.

Alle Rezepte eines Benutzers werden im Foldit-Verzeichnis (WinXP: C:/Dokumente und Einstellungen/All Users/Anwendungsdaten/foldit) in der Datei all.macros gespeichert. (Hinweis: Anwendungsdaten ist ein versteckter Ordner und kann mit dem Windows-Explorer nur eingesehen werden, wenn unter Extras-> Optionen-> Ordneroptionen -> Ansicht der Eintrag "versteckte Dateien und Ordner" auf "Alle Dateien und Ordner anzeigen" eingestellt ist.)
Diese Datei kann mit einem beliebigen Texteditor geöffnet werden.

Der Aufbau ist wie folgt:

1| version: 1
2| {
3| "all loop" : "{\n \"action-0\" : \"{\\n \\\"name\\\" : \\\"set_secondary_structure\\\"\\n \\\"residues\\\" ...
4| "band try" : "{\n \"action-0\" : \"{\\n \\\"name\\\" : \\\"add_bands\\\"\\n \\\"residues1\\\" : ...
5| }

Zeile 1: Versionsangabe
Zeile 2: Öffnen der Scriptinformationen
Zeile 3: Rezept "all loop"
Zeile 4: Rezept "band try"
Zeile 5: Schließen der Scriptinformationen; Ende der Datei

Wie man leicht erkennt, interessieren nur die Zeilen zwischen "{" und "}". Dort stehen die Rezepte.
Ein Rezeptzeile wird immer begonnen mit dem Rezeptnamen in Anführungszeichen. Dieser Name ist derselbe, der im Kochbuch steht. Danach folgen die Angaben, die im Rezept stehen. Die Reihenfolge ist dabei die selbe wie im Kochbuch und kann hier auch verändert werden.
Wenn man ein Rezept kopieren möchte, muss also die entsprechende Zeile, erkennbar am Rezeptnamen, komplett aus der all.macro des Rezepterstellers kopiert werden, und in der der all.macro des Empfängers in einer eigenen Zeile eingefügt werden.
Danach muss man die Datei nur noch speichern und ist schon fertig.

Es gibt im foldit-Verzeichnis auch noch eine single.macro. Diese Datei enthält das zuletzt im Kochbuch veränderte Rezept und kann nach bisherigen Erfahrungen getrost ignoriert werden.

Eine Sammlung von Rezepten kann man hier finden: Rezeptsammlung